Черепашки та Сплінтер таємниче переносяться на 100 років у майбутнє, в 2105 рік, де вони зустрічають Коді Джонса, правнука Ейпріл О'Ніл і Кейсі Джонса, спадкоємця технологічної компанії під назвою O'Neil Tech. Йому допомагає вірний робот-слуга Серлінг із англійським акцентом. Завдяки тому, що Нью-Йорк майбутнього населений різними розумними істотами, Черепашки можуть не переховуватись. Поки Черепашки та Сплінтер намагаються допомогти Коді створити часовий портал, щоб повернутися в XXI століття, їм доводиться розкривати злочинну діяльність дядька Коді, Даріуса Дана. Даріусу служать «інувасі ґунджін», воїни з пташиною тематикою зникаючих видів, але Черепашки звільняють їх з-під влади Даріуса. Інші вороги, з якими Черепашки повинні боротися, це воєначальник Канабо Ш'Оканабо та його розумний ШІ Вірал.
