1941年6月21日凌晨，苏联海军各部队投入最高的战斗警报，北方舰队、红色波罗的海舰队、黑海舰队、平斯克舰队、多瑙河舰队立即进入一级作战准备，各海军基地所在城市也同时实施了灯火管制，刹那间陷入一片黑暗。德国飞机乘着黑暗抵达塞瓦斯波尔上空，按计划他们要向这一军港的航道投放水雷以便将黑海舰队封锁在港内，然而由于苏联海军预先实施了灯火管制，德机在黑暗中无法找到投放水雷的位置。苏军防空部队的探照灯突然间同时打开，岸上及舰艇上的高射炮向空中猛烈开火，与前来空袭的德机展开了激战并将其击退。 德军意识到控制海上运输的重要性，安排德国空军加强了它在挪威北部的兵力。从此以后，盟国运输船队就同时遭受到德国空军和德国海军的袭击，到了1942年，德国已基本切断了通向苏联的北部补给线，盟军的军舰和运输船只损失惨重。苏联海军与盟国协同作战，到1943年，东波罗的海的形势开始发生急剧变化，苏联海军不断扩大兵力，清除并突破水雷障碍。随后，芬兰的投降以及苏联陆军在波罗的海各国的攻势，造成了一种迫使德国海军放弃芬兰湾和东波罗的海的局势。苏联波罗的海舰队将大部兵力留在喀琅施塔得和列宁格勒，用炮火支援陆地战役，完成了在伟大的卫国战争中应尽的责任。
